Franjo Tuđman potječe iz seoske obitelji srednjega imovnog staleža. Rođen je u Velikom Trgovišću 14. svibnja 1922. u braku Stjepana i Justine (rođ. Gmaz).
Pored Franje obitelj Tuđman imala je još dva sina: Ivicu i Stjepana. Otac mu je bio ugledni član HSS-a i općinski načelnik. Majka mu je umrla 1929. kada je Franjo pošao u osnovnu školu. Pučku je školu pohađao u rodnom mjestu (1929. – 1933.), a u Zagrebu Državnu II. mušku građansku školu (1935. – 1939.) te Trgovačku akademiju Udruženja trgovaca (1939. – 1941.), uglavnom se uzdržavajući sam.
Moguće uhićenje u doba starojugoslavenskoga režima 1940. o kojemu pišu službene Tuđmanove biografije još nije dovoljno razjašnjeno. Hrvatska enciklopedija navodi da je bio pritvoren 1940. kao srednjoškolac zbog sudjelovanja u ljevičarskoj manifestaciji.
Tuđmanova obitelj podupirala je hrvatski nacionalni pokret pod vodstvom HSS-a i Mačeka, dok se Franjo Tuđman tijekom 2. svjetskog rata pridružio komunističkim partizanima.
U proljeće 1941. prekinuo je školovanje i uključio se u antifašistički pokret; od 1942. bio je član KPJ. Djelovao je na području sjeverozapadne Hrvatske; od 1942. bio je rukovoditelj ilegalne partizanske tiskare (Glas Hrvatskog zagorja), od 1943. zamjenik komesara 2. zagorskoga partizanskog odreda, a od 1944. zamjenik komesara Brigade Braća Radić, komesar 32. divizije te načelnik Personalnog odsjeka Štaba X. korpusa.
Franjin otac je bio vijećnik ZAVNOH-a i AVNOJ-a. Brat Stjepan poginuo je kao pripadnik antifašističkoga pokreta u proljeće 1943. godine. U siječnju 1945. upućen je u Vrhovni štab Narodnooslobodilačke vojske Jugoslavije u Beogradu, gdje je radio u Glavnoj personalnoj upravi Ministarstva obrane, kao načelnik Drugog (organizacijskog) odjela.
Godine 1946. dogodila se i obiteljska tragedija koja nije u potpunosti razjašnjena; Tuđmanov otac Stjepan zajedno s njegovom pomajkom umro je nasilnom smrću pod sumnjivim okolnostima koje su kasnije različito tumačene (samoubojstvom, nesretnim slučajem…), ali prevladala je inačica po kojoj mu je oca kao kritičara nove, totalitarne vlasti likvidirala politička policija OZNA.
